Die Alliierten sind ein Bündnis der westeuropäischen Mächte, werden in Teil 2 aber auch von den Vereinigten Staaten und (Süd-)Korea unterstützt. Sie stellen in den Spielen die gute Partei dar.
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Alarmstufe Rot 1 sind sie ihren Gegnern, den Sowjets, militärisch hoffnungslos unterlegen. Selbst ihr stärkster Panzer ist immer noch schwächer als der schwächste der Russen. Dennoch ist er nur marginal kostengünstiger. Eigentlich sind die Alliierten nur auf zwei Gebieten besser als die Sowjets: Sie haben einen stärkeren Hubschrauber und bessere Seeeinheiten (zumindest im Originalspiel ohne Add-Ons). Ihre eigentlich hoffnungslose Situation machen sie mit speziellen Technologien wett. So haben z.B. sie die Möglichkeit, per Satellit über die gesamte Karte zu blicken und gleichzeitig mit Hilfe des so genannten Schattengenerators bestimmte Teile der Karte für den Gegner zu „verdecken“. Auf diese Weise können sie ihre sowjetischen Feinde auch mit ihren wesentlich kleineren Einheiten besiegen, in dem sie sie durch ihre bessere Aufklärung und die Wendigkeit ihrer Einheiten einfach ausmanövrieren. Die Alliierten sind daher eher für geübte Spieler geeignet.
In
Alarmstufe Rot 2 sind die Alliierten den Sowjets zwar weiterhin stark unterlegen, jedoch nicht mehr ganz so kritisch wie vorher. So verfügen sie jetzt ebenfalls über eine starke Verteidigungsanlage und können auf einen Panzer der höheren Tech-Stufe zurückgreifen. Dieser so genannte Prisma-Panzer ist zwar schwach gepanzert, hat aber eine enorm hohe Reichweite und sein Laser reflektiert zudem mehrmals und trifft so mehrere Ziele. Dies macht ihn in großen Mengen zu einer großen Gefahr. Aber auch für hinterhältige Spieler wurde nachgerüstet, so dass man jetzt einen Panzer einsetzen kann, der sich im Stehen als Baum tarnt. So sind die Alliierten zwar immer noch schwerer zu spielen als die Sowjets, können aber durchaus auch mal offensiver vorgehen als früher. Die Alliierten haben übrigens die Atomraketen, die sie in Alarmstufe Rot 1 noch abfeuern konnten, durch Yuri aus dem Arsenal nehmen müssen und haben jetzt eine andere Superwaffe: Die Wetterkontrollstation, die verheerende Gewitterstürme auf den Gegner loslassen kann.
In
Yuris Rache wurde das Militär nur wenig erweitert, unter anderem durch den Robot Panzer, der schwebt und weil er ferngesteuert ist, nicht gedankenkontrolliert werden kann. Mit ihrem Erz-Reiniger stehen sie aber wirtschaftlich jetzt besser dar, als die anderen Parteien.
Die Alliierten in
Alarmstufe Rot 1

C&C Alarmstufe Rot
(Spoiler-Warnung!)
Alarmstufe Rot 1 beginnt damit, dass Albert Einstein im Jahre 1946 in die Vergangenheit, genauer gesagt in das Jahr 1924, reist und dort Hitler, der gerade vorzeitig aus der Haft für einen gescheiterten Putschversuch entlassen wird, „beseitigt“. Damit ist die Bedrohung durch die NSDAP erledigt, bevor sie sich zu einer massiven zu entwickeln beginnt. Wann genau die eigentliche Story stattfindet, wird nicht gesagt, es werden die späten 40er oder 50er Jahre vermutet. Auf jeden Fall ist auch der alternative Zeitverlauf des Spiels nicht als allzu rosig zu bezeichnen: Statt Hitler fängt nun Stalin an Europa zu überfallen. Fast unaufhaltsam rückt er durch die osteuropäischen Länder voran. Nun hat er auch noch Albert Einstein gefangen genommen. Mit Hilfe der Spezialagentin Tanya und dem unbekannten Commander (dem Spieler) gelingt es jedoch ihn zu befreien. Anschließend darf sich der Spieler der schier unlösbaren Aufgabe stellen: Er muss die Alliierten aus ihrer verzweifelten Lage retten, die anrückenden Sowjet-Heere vernichten und anschließend den Spieß umdrehen. Zunächst gelingen kleine Erfolge, doch bald haben die Sowjets auch Griechenland in ihrer Hand, das von ihnen schwer verwüstet wird. Nun gelingt es den Alliierten allerdings, langsam aber sicher an Boden zu gewinnen. Sie drängen die Sowjets immer mehr zurück, Stalin hat aber noch nicht alle seine Trümpfe ausgespielt und will nun mit Atomsprengköpfen angreifen. Dies wird aber ebenfalls vereitelt. Genauso wird der Eiserne Vorhang der Sowjets, der Einheiten für kurze Zeit unzerstörbar machen kann, lahm gelegt. Mit Hilfe von Einsteins neuester Erfindung, der Chronosphäre, mit deren Hilfe es möglich ist, Einheiten an einen beliebigen Ort zu teleportieren, gelingt es den alliierten Truppen schließlich, in Moskau einzufallen und die Sowjets schließlich zu besiegen. Als einige alliierte Soldaten den verschütteten Stalin nun gefangen nehmen wollen, werden sie von dem griechischen General Stavros, der dem Verlust seiner Heimat nachtrauert, daran gehindert. Er selbst sorgt dafür, dass Stalin nicht schreien kann und überdeckt ihn mit einem großen Stein. So stirbt der Anführer der einst mächtigen Sowjetunion auf erbärmliche Weise.
Die Alliierten in
C&C Alarmstufe Rot 2

C&C Alarmstufe Rot 2
Nachdem Stalin beseitigt ist, kommt in Russland ein neuer Regierungschef an die Macht: Premier Aleksander Romanow. Dieser wurde von den Alliierten als Marionette eingesetzt und soll dafür sorgen, dass die UdSSR keine weitere Invasion versucht. Allerdings verhält er sich doch ganz anders als erwartet. Plötzlich und völlig unerwartet starten die Sowjets eine Großinvasion auf die USA – Alarmstufe Rot 2 beginnt. Als die alliierten nukleare Gegenschläge ausführen wollen, werden sie von Yuri, dem Chefstrategen der Sowjets, per Gedankenkontrolle daran gehindert. Er ist offenbar ebenfalls dafür verantwortlich, dass alle Agenten der Alliierten entweder tot oder übergelaufen sind. Die Lage der Alliierten und speziell der USA ist einmal mehr aussichtslos. In allen amerikanischen Küstenstädten sammeln sich bereits sowjetische Truppen und die Freiheitsstatue in New York ist durch einen Raketenangriff zu Asche zerfallen. Alle Befehlshaber der Alliierten sind tot und so bleibt nur noch eine Hoffnung: Der Spieler als namenloser „Commander“. Ihm gelingt es zunächst, die Sowjets in New York zurückzudrängen und einen Stützpunkt der Airforce zu befreien. Nun greifen diese jedoch zu einer sehr perfiden Waffe: Dem Psycho-Leuchtfeuer, mit dem sie die Gedanken zahlreicher US-Bürger in Washington inklusive dem Präsidenten kontrollieren. Nachdem es zerstört ist, taucht die Führungsriege der Amerikaner in Kanada unter und beordert gleich die Zerstörung des Psychoverstäkers in Chicago, mit dem die Sowjets die Gedanken aller US-Amerikaner kontrollieren könnten. Nachdem dieser zerstört ist, fällt die Stadt einem wütenden Atomangriff zum Opfer. Die Amerikaner bitten die europäischen Mächte um Mithilfe und diese willigen – nachdem Tanya die atomare Bedrohung durch die Sowjets ausgeschaltet hat – ein. Endlich gelingt es, die Sowjets aus den USA zu vertreiben. Washington wird befreit, eine Invasion bei Pearl Harbor zurückgedrängt und schließlich das letzte Psycholeuchtfeuer in St. Louis vernichtet. Die Sowjets sind allerdings noch lange nicht besiegt. Wieder einmal muss Einsteins Chronosphäre zu Hilfe gezogen werden. Mit dieser gelingt einmal mehr die Invasion in Moskau und Romanow wird von Tanya gefangen genommen.
In
Yuris Rache sehen sich nicht nur die Alliierten, sondern auch der Rest der Welt einer gänzlich neuen Bedrohung gegenüber gestellt. Der in Alarmstufe Rot 2 verschwundene Yuri erscheint plötzlich auf den Bildschirmen und verkündet, dass er seine Psycho-Dominatoren hochfahren will. Mit diesen Geräten würde es ihm gelingen, die Gedanken aller Menschen auf der Erde zu kontrollieren. Während er sein Gerät auf Alcatraz aktivieren will, starten die Alliierten einen Luftangriff mit dem es ihnen gelingt, die Stromversorgung des Gerätes lahm zu legen. Yuri aktiviert daraufhin den Rest seiner Geräte und kontrolliert so alle Weltbürger – mit Ausnahme der Einwohner an der amerikanischen Westküste. Den Alliierten bleibt nun keine andere Wahl, als mit Einsteins (neuer) Zeitmaschine von San Francisco aus in die Vergangenheit zu reisen. Nun müssen sie gleichzeitig gegen die Sowjets, die in dieser Zeit mit ihrer Invasion noch voll im Gange sind, und Yuri kämpfen. Zunächst befreien sie Hollywood, von dem aus Yuri seine Gedankenkontrolle über die Medien verbreiten konnte, und vernichten eine atomare Bedrohung durch ihn auf Seattle. Er will nun Küstenstädte mit seinen Boomer U-Booten angreifen. Dies verhindern die Alliierten ebenfalls. Der Krieg mit den Sowjets ist inzwischen beendet und in London soll der Friedensvertrag unterschrieben werden. Yuri bringt dies in Erfahrung und versucht das Parlament zu zerstören und alle Regierungschefs unter seine Kontrolle zu bringen. Schließlich gelingt es Yuris Versteck ausfindig zu machen: die Antarktis. Die Alliierten starten eine Invasion und zerstören seinen Stützpunkt mit dem letzten verbleibenden Psycho-Dominator. Yuri wandert in die so genannte Psychische Isolationszelle, von der aus er niemanden mehr kontrollieren kann.